Thèse de doctorat:
Réalisée en cotutelle entre l'équipe de Biologie, Ecologie et Parasitologie des Organismes aquatiques, Faculté des Sciences de Tunis et l'équipe de Parasitologie Moléculaire et Cellulaire, Université Blaise Pascal, Clermont Ferrand.
Directeurs de Thèse:
Pr. Christian P. Vivares
Pr Oum Kalthoum Ben Hassine
Titre de la thèse: "Les microsporidies parasites de poissons des côtes tunisiennes et Françaises: Structure des foyers infectieux et dynamique des génomes"
Jury:
Présidente : Pr. Amel Elgaaïed,
Rapporteurs : Pr. Ikram Guizani,
Pr. Patrick Bastien,
Examinateurs : Pr. Oum Kalthoum Ben Hassine,
Pr. Christian Vivares,
Pr. Emmanuel Cornillot,
Les microsporidies sont des parasites intracellulaires qui infestent plusieurs animaux, essentiellement des insectes et des poissons. Chez ces derniers, plus de 150 espèces, regroupées en 14 genres, ont été décrites. Dans la plupart des cas, la structure du foyer infectieux est structuré sous la forme d’un kyste, appelé xénome ou granulome. La caractérisation des microsporidies a été basée, depuis longtemps, uniquement sur des critères structuraux. Dans notre étude, nous avons essayé d'appliquer des approches, différentes mais complémentaires, pour l'étude de microsporidies récoltées sur les côtes tunisiennes et françaises.
Dans un premier temps, nous avons effectué une recherche de microsporidies chez plus de 1400 poissons téléostéens, appartenant à 19 espèces, collectés au niveau de différents secteurs du littoral tunisien. Deux espèces microsporidiennes ont été récoltées. La caractérisation, à l'échelle de l'espèce, a été effectuée selon des méthodes structurales, basées sur la microscopie photonique, photonique à fluorescence et électronique à transmission. Elle a été complétée par des méthodes moléculaires (séquençage partielle de l'ADNr 16S) et des analyses phylogénétiques. Ces études nous ont permis de décrire une nouvelle espèce, Microgemma tincae, parasite du crénilabre Symphodus tinca mais aussi de mettre en évidence la présence de la microsporidie Spraguea lophii chez des lottes pêchées en Tunisie. Les études histopathologiques des foyers infectieux et la détermination des paramètres parasitologiques quantitatifs nous ont permis d’évaluer l'impact de ces parasites sur l'hôte et de connaître les différentes phases de l'évolution des xénomes et des granulomes. Malgré les différences observées dans la forme des foyers infectieux des deux espèces microsoridiennes étudiées, la succession des stades évolutifs du xénome au granulome est similaire pour les deux microsporidies.
Dans la deuxième partie, nous avons entrepris une étude génomique, basée sur l'électrophorèse en champs alternés mono- et bidimensionnelle, de quelques microsporidies. Outre les deux espèces rencontrées en Tunisie, deux autres microsporidies, récoltées en France, ont été aussi ciblées par cette étude. Il s'agit de Glugea atherinae, parasite de l'athérine, Atherina boyeri et Spraguea lophii, prélevé sur la lotte atlantique, Lophius budegassa. Dans cette étude, les caryotypes moléculaires ont été réalisés par électrophorèse en champs alternés (PFGE). La correspondance entre les bandes caryotypiques, les molécules chromosomiques et la ploïdie a été déduite à partir des empreintes, bande par bande, moyennant un protocole original, basé sur la PFGE bidimensionnelle (KARD 2D-PFGE). Des hybridations avec des sondes d'ADNr nous ont permis de déterminer la distribution de ces gènes dans les chromosomes et d’apprécier leur relation avec la variabilité génomique. Les résultats obtenus ont abouti à une caractérisation très fine des génomes de Glugea atherinae et de Spraguea lophii. La première espèce présente un statut diploïde et stable alors que la seconde possède un statut haploïde et très variable. La mise au point d'un protocole d'extraction de l'ADN génomique nous a permis d'affiner cette étude à l'échelle du foyer infectieux et d'entreprendre une recherche sur la relation entre la dynamique du génome de Spraguea lophii et le développement du foyer infectieux dans l'hôte.
La troisième partie a été consacrée au développement d'une méthode d'acquisition et de traitement d'images générées par la méthode KARD. Nous avons, en effet, obtenu une intégration complète de l’analyse numérique des KARD en utilisant un radio-chromatoimageur (RCI), basé sur la chambre à fils proportionnels (ou MWPC) et le logiciel PDQuestTM (Bio-rad), initialement conçu pour des analyses protéomiques.
Mots clés: Microsporidies parasites des poissons, Microgemma tincae, microscopie, ADNr, foyer infectieux, caryotype moléculaire, PFGE, KARD, radioisotopes, bêta-imageur, PDQuestTM
